企业预交增值税后如何申报扣除，将预交增值税申报时直接填写在申报表主表第28栏"分次预缴税额"栏次，就可以抵减本月应纳税额，抵减后的税额为本月应交税额，大于当期"应纳税额"时，可申请办理退税或抵减下期税款。