总公司收款分公司开具发票可以出一份三方收款证明，总公司和分公司挂往来帐。具体如下：

分公司开票挂客户应收，具体分录如下：

借：应收账款—XX，

贷：主营业务收入，

贷：应交税费—应交增值税(销项税额)。

当客户打款到总公司时，分公司做如下分录：

借：其他应付款—内部往来，

贷：应收账款—XX。

总公司做如下分录：

借：银行存款，

贷：其他应收款—内部往来。