公司员工出差的时候发生的差旅费住宿费发票认证后，其不含税金额按使用部门，计入到管理费用或者销售费用，对应的税额应该计入到应交税费—应交增值税—进项税额科目，其分录为，

借：管理费用—差旅费—住宿费等，

应交税费—应交增值税—进项税额，

贷：银行存款等。