公司车间改造支付的费用计入到在建工程科目，更新改造的固定资产的账务处理如下，

1、将固定资产账面价值转入在建工程，

借：在建工程，

累计折旧，

贷：固定资产。

2、发生改扩建工程支出，

借：在建工程，

贷：银行存款等。

3、替换部分按照账面价值冲减在建工程，

借：营业外支出，

贷：在建工程。

4、被替换部分变价收入，

借：银行存款，

贷：营业外支出，

应交税费—应交增值税。

5、达到预定可使用状态，

借：固定资产，

贷：在建工程。