工程施工企业在进行施工过程中发生的材料费，人工费、机械设备折旧、租赁费、差旅费费等，可以作为工程的成本计入工程施工—合同成本等会计科目，对于没有取得发票的部分，企业仍然应该正常入账，只是因为没有发票，企业不能在所得税前进行扣除，需要在汇算清缴时调增利润，缴纳企业所得税。