和对方沟通协商，做个补充合同或是协议后按新的名称开具。您要是开票方，开票软件中在基础设置的地方进行修改成新的公司名称。要是是收票方的话，要及时通知对方，告知对方新的公司名称等开票信息，以免开错发票，产生换票的麻烦。