工程款专用发票可以认证抵扣。

如果甲方是一般纳税人收到工程款专用发票，

借：在建工程，

借：开发支出等，

借：应交税费-应交增值税-进项税额，

贷：应付账款、银行存款等，

如果甲方是小规模纳税人收到工程款专用发票，

借：在建工程，

借：开发支出等，

贷：应付账款、银行存款等。