建筑企业根据每个月的农名工工资情况，进入个人所得税申报系统，填写申报的计税依据金额，然后计算缴纳税款，并缴纳相关税款金额，缴纳的税款金额在今后实际需要支付的农民工劳务报酬款项中扣除。