商贸公司汇算清缴时，工资部分按实际申报缴纳的工资来进行税前扣除，不是实际发生的部分，不能税前扣除。如果企业去年申报的工资有误，企业需要先更正申报去年的个人所得税，然后按修改后的金额来修改汇算清缴时的数据。