如果是基本医疗保险，那么和农村合作医疗是冲突的，如果相关用户参加了公司缴纳的社会保险，那么是需要注销农村合作医疗的。

若是商业医疗保险，那和农村合作医疗就是没有冲突的，虽然都提供的是医疗保障，但一个是商业保险，一个属于社保的范畴，所以并不会产生冲突。

不同地区的相关规定也是有所不同的，建议咨询相关工作人员，具体以购买产品的实际规定为准。