第一套贷款结清二套房是否算首套要根据当地的房地产政策及贷款政策而定。

1、如果当地对购买第二套住房的政策是认房又认贷，那么第一套贷款结清后，再购买第二套住房仍然算作第二套住房。

2、如果当地对购买第二套住房的政策是认房不认贷，那么只要名下有房屋备案，不论是否有贷款、贷款是否结清，再购买第二套住房都算作第二套住房。

3、如果当地对购买第二套住房的政策是认贷不认房，那么只要还清首套房贷款，再购买第二套住房仍然算作首套房。

因此，具体情况需要咨询当地的房地产部门或银行，以确定具体的政策规定。

首套房二套房贷款的差异

1、贷款利率

二套房贷款的贷款利率是比首套房的贷款利率高不少的。就公积金贷款而言，二套房贷款的贷款利率，是要在首套房公积金贷款利率的基准上，上幅10%。其他商业贷款的二套房贷款利率，要以各商业银行规定为准，但总体来说，都是比较高的。

2、贷款额度

二套房贷款的贷款额度比首套房的贷款额度低很多。具体的贷款额度，以地区规定为准。

3、贷款难度

当然，而二套房贷款的贷款难度，会比首套房贷款难度大很多，尤其是在遇到资金比较紧张的时候，二套房贷款往往很难申请到。

4、税收优惠政策不同

一套和二套在交易上，一套有契税优惠(普通且90平米以下按1%征收，普通按1.5%征收，非普通还是3%)，二套无论什么情况契税都是3%。在房产税上，一套免征，二套按家庭人均60平米计算，超过部分征收房产税，每年年底缴清，税率为非普通住宅0.6%，普通住宅0.4%，标地按合同价的70%计征。