环境保护税的计算方法主要基于应纳税额、污染当量数和适用税额。具体来说，对于应税大气污染物和水污染物，其污染当量数由排放量除以污染当量值得出。规模化禽畜养殖业排放的水污染物的污染当量数则是通过禽畜养殖数量除以污染当量值来计算。而小型企业和第三产业排放的水污染物的污染当量数则是通过污水排放量除以污染当量值得出。
环境保护税的计算还依赖于四项指标值，即污染物消耗量、污染当量值、污染当量数和税款规范。这四项指标值是计算环境保护税的关键。
污染物排放量的计算方法有四种：一是对安装使用合乎国家要求和检测标准的污染物全自动监测设备的，按全自动数据监测计算；二是对未安装全自动监测设备的，按检测机构出示的合乎国家相关要求和检测标准的数据监测计算；三是对不具有检测标准的，依照国务院生态环境保护主管机构发布的排放指数或是原材料衡算方式计算；四是无法依照前三种方式计算的，依照省、自治州、市辖区生态环境保护主管机构发布的取样计算方式核准计算。
污染当量值是等同于一个污染当量的污染污水排放标准总数，用以考量空气污染物和水污染物对自然环境引起的伤害和处置花费。环境污染剂量数应纳税所得额空气污染源和水污染源的环境污染剂量数，是以该污染物质的使用量除于该污染物质的环境污染当数值测算。
最后，应纳税额空气污染物和水污染物推行波动税款，空气污染物的税款力度为1.2元至12元，水污染物的税款力度为1.4元至14元。