商业保险抵扣个税一般是按照以下方式办理：

1.投保了符合个税抵扣的保险的参保人，如投保了税优健康险、企业年金、税收递延型商业养老险的参保人，可以在保单右上角看到税优识别码，有这种保单的参保人，可申请个税抵扣；

2.向用人单位的财务部提供税优识别码和其他材料，具体材料可咨询公司财务部获悉；

3.用人单位财务人员在当年或当月计算个人应缴纳的个税所得税之前，向当地地税部门提出申请；

4.地税部门在计算个税的时候就会扣除相应费用。