个人所得税是每位纳税人必须承担的义务，个人应该支付的所得税不能由公司代为支付。如果实际上公司确实代为支付了个人所得税，那么这种做法是不合法的。为了确保税收的公平性和合法性，公司应该采取相应的措施来解决这个问题。
首先，公司可以考虑增加该员工的工资。通过增加工资，公司可以使员工在扣除个人所得税后仍然能够拿到与之前相当的工资水平。这样做既符合法律规定，又能够保障员工的权益。
其次，在账务处理上，公司应该明确个人所得税仍然是个人负担。即使公司代为支付了个人所得税，但在账务记录中，仍然应该将个人所得税列为个人负担。这样可以确保公司的账务处理合规，避免出现违规行为。
此外，公司还应该加强对个人所得税的管理和监督。公司可以建立健全的个人所得税管理制度，确保个人所得税的准确计算和及时缴纳。同时，公司还可以加强对员工的培训，提高员工对个人所得税的认识和理解，减少个人所得税管理方面的问题。
总之，个人所得税是每位纳税人应尽的义务，个人应该支付的所得税不能由公司代为支付。公司应该采取相应的措施来解决这一问题，包括增加员工工资、明确个人所得税的个人负担以及加强个人所得税的管理和监督。只有这样，才能确保税收的公平性和合法性，维护社会的稳定和发展。