本单位在自行开具发票时，根据具体情况，将相关款项计入应收账款、预收账款等科目。同时，贷方确认对应的主营业务收入/其他业务收入和税费。具体的会计分录如下：
首先，借方记录应收账款或银行存款等款项。这意味着单位收到了一笔款项，但尚未实际交付货物或提供服务。这笔款项将在未来的某个时间点转化为实际的收入。
其次，贷方确认主营业务收入或其他业务收入。主营业务收入是指单位通过核心业务活动所获得的收入，而其他业务收入则是指单位通过其他非核心业务活动所获得的收入。这些收入的确认意味着单位已经履行了相应的合同义务，并有权收取相应的费用。
最后，应交税费中的应交增值税和销项税额也需要进行确认。增值税是一种按照销售额的一定比例征收的税费，销项税额是指单位销售商品或提供服务所产生的增值税额。单位需要根据税法规定，及时缴纳相应的增值税。
综上所述，本单位在自行开具发票时，需要根据实际情况进行会计处理。通过借记应收账款或银行存款等科目，贷记主营业务收入或其他业务收入和应交增值税-销项税额，可以准确反映单位的财务状况和业务活动。