在处理增值税专用发票金额大于实际收到款项的情况时，需要按照一定的账务处理方法进行操作。首先，开具发票时，需要进行以下账务处理：
1. 借：应收账款—某某单位 贷：主营业务收入 应交税费—应交增值税（销项税额）
2. 实际收款时，需要进行以下账务处理：
借：银行存款 贷：应收账款—某某单位
通过以上账务处理方法，可以确保增值税专用发票的金额与实际收到的款项相匹配。在开具发票时，将应收账款增加，主营业务收入增加，同时将应交增值税（销项税额）增加。当实际收到款项时，将银行存款增加，应收账款减少。
这种账务处理方法的目的是为了准确记录企业的财务状况和税务情况。通过及时调整应收账款和主营业务收入，可以确保企业的收入和利润的准确性。同时，正确处理应交增值税（销项税额），可以避免因发票金额错误导致的税务问题。
总之，对于增值税专用发票金额大于实际收到款项的情况，企业需要按照上述账务处理方法进行处理。这样可以确保企业的财务数据的准确性，同时也符合税务法规的要求。