当总机构和分支机构不在同一县（市）时，根据规定，它们应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。然而，在某些情况下，经国务院财政、税务主管部门或其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
为了进一步明确这一要求，财税[2012]9号文件对增值税暂行条例进行了补充说明。根据该文件，如果固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内，经过省（区、市）财政厅（局）、国家税务局的审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。
为了确保这一规定的合规性和透明度，省（区、市）财政厅（局）、国家税务局应将审批同意的结果上报财政部、国家税务总局备案。这样，上级部门可以及时了解并监督各地区的税收征管情况，确保税收政策的贯彻执行。
总之，根据相关法规和文件，当总机构和分支机构不在同一县（市）时，它们应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。但在特定情况下，经过国务院财政、税务主管部门或其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。此外，省（区、市）财政厅（局）、国家税务局的审批同意结果也需要上报财政部、国家税务总局备案，以确保税收政策的有效执行。