总机构在计算各分支机构分摊所得税款的比例时，应考虑上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额这三个因素。对于三级及以下的分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额将统一计入二级分支机构。这三个因素的权重分别为0.35、0.35和0.30。
具体的计算公式如下：某分支机构分摊比例 = （该分支机构营业收入 / 各分支机构营业收入之和）×0.35 （该分支机构职工薪酬 / 各分支机构职工薪酬之和）×0.35 （该分支机构资产总额 / 各分支机构资产总额之和）×0.30。
在使用软件进行计算时，只需输入营业收入、职工薪酬和资产总额，分配比例会自动计算出来。各分支机构的分配比例之和为100%。
若需要了解更多关于此问题的信息，可以参阅国家税务总局2012年第57号公告第十五条。