清包工工程的账务处理和正常工程基本一致，只是项目材料种类和金额较少。工程施工过程中发生的直接成本通过“工程施工—合同成本”科目核算，该科目根据施工项目确定成本核算对象，进行辅助核算，按照成本项目进行明细核算。
同时，工程施工过程中所发生的间接费用通过“间接费用”科目核算。如有多个项目，应在项目间进行分配。
工程账务处理最基本的有以下几点：已发生的工程成本借记“工程施工—合同成本”，贷记“原材料、应付职工薪酬等”；结算金额的账务处理借记“应收账款”，贷记“工程结算”；实际收到工程款的账务处理借记“银行存款”，贷记“应收账款”。
按完工百分比法确认收入、结转成本时，借记“主营业务成本”、“工程施工—合同毛利（通常在借方）”，贷记“主营业务收入”。将工程结算与工程施工对冲时，借记“工程结算”，贷记“工程施工—合同成本”、“工程施工—合同毛利”。
若某年合同预计总成本超过了合同总收入的金额，则当年确认收入的分录为：借记“主营业务成本”，贷记“主营业务收入”、“工程施工―合同毛利”。另外再做一笔计提存货跌价准备的分录：借记“资产减值损失”，贷记“存货跌价准备”。