公司员工个人所得税年度汇算的流程如下：
1. 首先，我们需要授权财务人员进行操作。已经进行过实名办税的财务人员无需再次授权。
2. 接下来，财务人员登录自然人电子税务局网页版进行集中申报。具体步骤如下：
a. 经授权的财务人员登录自然人电子税务局（网页版），选择对应的汇缴单位，输入省、市和税号进行搜索，然后点击【立即申报】。请注意，集中办理汇缴不支持逾期办理。扣缴义务人应在6月30日前代为填报相关表单以及办理后续的补退税等相关事项。
b. 报表填写报送：可直接添加数据或用模板导入，核对无误后点击【报送】。
c. 退税申请：退税状态为【待退税】和【放弃退税】的可以提交退税申请。
d. 税款缴纳：申报表报送成功后，如有欠税，可点击【税款缴纳】办理缴税业务。
e. 申报查询：点击【申报记录查询】可查询已申报数据。
此外，需要补充说明的是，个税不进行汇算清缴的情况如下：纳税人在2021年度已依法预缴个人所得税，且综合所得年收入不超过12万元或者补税金额不超过400元，可免于办理个人所得税综合所得汇算清缴，无需补交税款。但请注意，纳税人取得综合所得时存在扣缴义务人未依法预扣预缴税款的情形，不包括在免于汇算的情形内，即居民个人取得综合所得时存在扣缴义务人未依法预扣预缴税款的，仍需补交税款。以上信息依据《关于办理2021年度个人所得税综合所得汇算清缴事项的公告》（国家税务总局公告2022年第1号）。