车船税是由保险公司代为扣除和支付的。具体的会计分录如下：
首先，我们需要计提车船税。这一步的会计分录是：借记“税金及附加”，贷记“应交税费—应交车船税”。
接下来，我们需要支付款项。这一步的会计分录是：借记“预付账款（保险费部分）”和“其他应付款（车船税部分）”，贷记“银行存款”。
然后，当保险生效并取得发票时，我们需要进行会计处理。这一步的会计分录是：借记“管理费用”、“应交税费—应交增值税（进项税额）”和“应交税费—应交车船税”，贷记“预付账款”和“其他应付款”。
值得注意的是，保险公司在开具保险费增值税发票时，会代收的车船税金额已经在发票的备注栏注明。因此，我们可以直接凭该发票作为缴纳车船税的凭证。
此外，根据《国家税务总局关于保险机构代收车船税开具增值税发票问题的公告》（国家税务总局公告2016年第51号），车船税也可以直接按照保险发票上的金额入账。