差旅费报销的进项税额计算方式因出差发票的性质而异。以下是不同情况下的计算方法：
1. 直接取得增值税专用发票，可以按增值税专用发票上的税额作为进项税，例如住宿发票。
2. 对于直接取得的电子发票或飞机票、火车票，需要根据具体情况进行计算： - 机票行程单：进项税额 = (票价 燃油附加费) ÷ (1 9%) × 9% - 火车票：进项税额 = 票面金额 ÷ (1 9%) × 9% - 汽车票、船票：进项税额 = 票面金额 ÷ (1 3%) × 3%
此外，关于通行费的电子发票是否要勾选的问题，需要注意以下补充信息： 根据《交通运输部国家税务总局关于收费公路通行费增值税电子普通发票开具等有关事项的公告》（交通运输部公告2017年第66号）第四条第（一）项规定，增值税一般纳税人取得符合规定的通行费电子发票后，应当自开具之日起360日内登录本省（区、市）增值税发票选择确认平台，查询、选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息。虽然已经没有360日的要求，但是需要勾选认证。