超过100万的税款计算，可分为以下两种情况：
首先，如果年应纳税所得额超过100万元但不超过300万元，比如120万元，那么所得税将按照以下公式进行计算：所得税=100*2.5% 20*5%。
其次，如果年应纳税所得额超过300万元，如320万元，那么所得税将按照以下公式进行计算：所得税=320*25%。
以上规定来源于财政部、税务总局于2022年3月发布的《关于进一步实施小微企业所得税优惠政策的公告》（2022年第13号）。该公告指出，对于小型微利企业，其年应纳税所得额超过100万元但不超过300万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税，实际税负由原10%降至5%。
至于小企业会计准则下汇算清缴后退回企业所得税的处理方式，以下是具体步骤：
1. 首先需要冲掉之前多计提的所得税费用。借记“应交税费—应交企业所得税”，贷记“所得税费用”。
2. 当实际收到退税款时，借记“银行存款”，贷记“应交税费—应交企业所得税”。
需要注意的是，有些企业可能想调整到以前年度，将上述分录中的“所得税费用”科目替换为“利润分配—未分配利润”科目。然而，这样的处理并不符合小企业会计准则未来适用法的规定，因此建议企业以规范的方式进行处理。此外，自2021年起，汇算清缴后多缴的税款不能再抵减下一年度的应缴税款，而应申请退税。