跨地区转移类型的填写规则如下：
1. 当总分机构类型为“总机构”时，如果跨地区转移类型选择为“跨省、自治区、直辖市、计划单列市”、“跨地市”、“跨县区”、“跨地市（比例预缴）”、“跨县区（比例预缴）”，则需选择录入不同税率地区标识、总机构年度汇算清缴预算科目、总机构年度汇算清缴预算级次、总机构独立生产经营部门月（季）度预缴预算科目、总机构独立生产经营部门月（季）度预缴预算级次、总机构独立生产经营部门年度汇算清缴预算科目和总机构独立生产经营部门年度汇算清缴预算级次。有效期起为必录项，有效期止为非必录项，其他项目不可以录入。
2. 如果总分机构类型为“总机构”，并且跨地区转移类型选择为“非跨地区税收转移”，则需选择录入汇缴企业类型、月（季）度就地预缴比例、年度就地预缴比例和有效期起。有效期止为非必录项，其他项目不可以录入。
3. 当总分机构类型为分支机构，且跨地区转移类型选择为“跨省、自治区、直辖市、计划单列市”、“跨地市”、“跨县区”时，需选择录入分支机构层级、不同税率地区标识、就地缴纳标识、分支机构年度汇算清缴预算科目和分支机构年度汇算清缴预算级次。在分支机构层级为“2级（有下级）”、“3级及3级以下（有下级）”时，还需选择录入“分支机构是否继续分配”；如果不就地缴纳，则必须录入“不就地缴纳原因”。其他项目不可录入。
补充说明：总分公司是否独立核算的区别主要体现在会计核算上。独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。非独立核算通常是因为没有资本，所以财产物资由上级单位拨付，没有独立的银行账户，所有收入存入上级单位账户，支出由上级单位审核通过后支付。根据所在地的流转税纳税义务和经营相关业务，分公司可以登记为独立核算或非独立核算。无论分公司是否采用独立核算，都要根据要求单独建账。