个体工商户查账征收的步骤包括：首先，需要准备财务软件或纸质的账本、凭证用于账务处理。其次，建立基本的相关科目，如银行存款、现金、主营业务收入、主营业务成本，管理费用、本年利润等相关科目。接下来，准备的账套主要是银行存款、现金日记账、三栏明细账和总账。最后，进行基本的账务处理。
当有收入时，借：银行存款或库存现金，贷：主营业务收入，应交税费—应交增值税。结转成本时，借：主营业务成本，贷：库存商品。进货时，借：库存商品，贷：银行存款。发生费用时，借：管理费用—各类明细，贷：银行存款或库存现金。月底进行结转时，借：本年利润 ，贷：管理费用，主营业务成本，借：主营业务收入，贷：本年利润。
此外，个体户核定征收和查账征收之间存在一些区别。首先，它们适用的情况不同。税务机关会根据不同情况采用不同的征收形式。核定征收适用于纳税人账本不健全且难以准确查询应纳税额的情况；而查账征收则适用于账本、凭证、财务审核制度相对健全能够正确计算应纳税款的情况。其次，它们所采用的税率也不同。查账征收有明确的计算方式，在一定程度上算是定额征收；而核定征收的税率则需要根据企业性质来核算。虽然不同行业的核定征收税率大不相同，但一般来说采用核定征收的税款要比查账征收的税款低。