公司清算方案的确认，主要依据公司的相关领导和实际情况进行。具体分析如下：
1. 若公司自行清算，清算方案应报股东大会决议确认。若人民法院组织清算，清算方案应报人民法院确认。未经确认的清算方案，清算组不得执行。
2. 若清算组执行未经确认的清算方案给公司或债权人造成损失，公司、股东或债权人主张清算组成员承担赔偿责任的，人民法院应依法予以支持。
3. 关于清算时的留底税进项税的处理，根据《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009)60号)第三条规定，企业清算的所得税处理包括以下内容：
一、全部资产均应按可变现价值或交易价格，确认资产转让所得或损失。
二、确认债权清理、债务清偿的所得或损失。
三、改变持续经营核算原则，对预提或待摊性质的费用进行处理。
四、依法弥补亏损，确定清算所得。
五、计算并缴纳清算所得税。
六、确定可向股东分配的剩余财产、应付股息等。
4. 根据上述规定，企业在向股东分配剩余存货和已抵扣进项税金的固定资产前，需以销售、抵顶债务方式处理存货和已抵扣进项税金的固定资产时，可以用增值税销项税金抵减留抵税额。留抵税额抵顶完毕的，需缴纳增值税；留抵税金未抵减完毕并将存货和已抵扣进项税金的固定资产作为剩余财产向股东分配的，其留抵税金税务机关不再退税。鉴于留抵税额属于“应交税费”的一项内容，应作为“负债清偿损益”处理，并计算扣减企业当期的清算所得。