长期健康险责任准备金的计算方法主要有两种，即过去法和未来法。这两种方法的计算公式与人寿保险相同。在会计处理上，长期健康险责任准备金的核算包括三个部分：长期健康险责任准备金的核算、提存和转回长期健康险责任准备金的核算。
为了适应这种核算需求，会计上也相应设置了三个会计科目。首先是“长期健康险责任准备金”科目，该科目用于核算金融企业长期健康保险业务提存的准备金。在这个科目中，贷方登记提存的准备金数额，借方登记转回的准备金数额。余额在贷方，反映金融企业本期提存的长期健康险责任准备金。此外，该科目还需按险种设置明细账进行明细核算。
其次是“转回长期健康险责任准备金”科目，该科目用于核算金融企业转回上年同期提存的长期健康险责任准备金。这是一个损益类科目，贷方登记转回上年同期提存的准备金数额，借方登记结转“本年利润”科目的数额。期末结转后，本科目无余额。同样，该科目也需按险种设置明细账进行明细核算。
最后是“提存长期健康险责任准备金”科目，该科目用于核算金融企业长期健康保险业务提存的准备金。这是一个损益类科目，借方登记提存的准备金数额，贷方登记结转“本年利润”科目的数额。期末结转后，本科目无余额。该科目也需按险种设置明细账进行明细核算。