差额预算单位是一种特殊的预算内事业单位，其运作模式与全额预算单位有所不同。这种差异主要体现在管理形式、资金渠道、核算基础以及年终结余处理方法上。
首先，从管理形式上看，差额预算单位的管理方法主要有以下三种：
第一种是全额管理、定额补助。这种方式下，预算拨款单位会对单位的收支进行全面管理，并对收支之间的差额按照事先确定的定额进行补助。
第二种是全额管理、定项补助。在这种模式下，预算拨款单位会根据单位收支的安排情况，对某个或几个项目进行补助。
第三种是全额管理、差额补助。这种方式下，预算拨款单位会对单位的收支进行全面管理，并对其收支差额进行补助。
其次，从资金渠道上看，差额预算单位和全额预算单位的资金来源也有所不同。差额预算单位的部分资金需要自行筹集，而全额预算单位的资金则全部由预算拨款单位提供。
再者，从核算基础来看，差额预算单位和全额预算单位的核算基础也有所区别。差额预算单位的核算基础是其收入和支出的差额，而全额预算单位的核算基础则是其总收入。
最后，从年终结余处理方法来看，差额预算单位和全额预算单位也有不同。差额预算单位的年终结余需要进行处理，而全额预算单位的年终结余则不需要处理。
总的来说，差额预算单位和全额预算单位在管理形式、资金渠道、核算基础以及年终结余处理方法等方面都存在明显的差异。