企业对资质管理费的收取主要通过三个科目进行核算，分别是“应收账款”、“银行存款”以及“主营业务收入”或“其他业务收入”。具体的账务处理过程如下：
首先，当企业发生资质管理费收入时，会计分录为：借记应收账款，贷记主营业务收入，同时应交税费中的销项税额也需要相应记账。这样的操作可以确保企业的收入得到准确记录。
其次，当企业实际收取到资质管理费时，会计分录为：借记银行存款，贷记应收账款。这一步骤的目的是将企业实际收到的款项与应收账款相对应，以确保账目的准确性。
通过以上两个步骤，企业可以有效地管理和核算资质管理费的收入和支出。这样的账务处理方式可以帮助企业更好地掌握财务状况，为企业的经营决策提供准确的数据支持。