当员工迟到时，公司通常会采取扣款的方式进行处罚。这笔迟到的扣款应该在工资表里得到体现，并进行相应的账务处理。具体的账务处理步骤如下：
首先，在计提工资时，需要按照扣除迟到的金额进行计算。这意味着员工的实发工资将减少相应的扣款金额。
其次，这笔扣款应该记入管理费用或销售费用中的“工资”科目。这是因为迟到扣款属于公司对员工的一种费用支出，可以归类为管理费用或销售费用。
接下来，这笔扣款应该与应付职工薪酬中的“工资”科目进行对冲。这样可以确保账务的准确性和一致性。
最后，当发放工资时，需要根据实际发放的工资金额进行调整。具体来说，应该借记应付职工薪酬中的“工资”科目，贷记银行存款。同时，还需要根据个人所得税法规定，将应交的个人所得税从应付职工薪酬中扣除，并贷记应交税费中的“应交个人所得税”。
综上所述，迟到扣款应该在工资表中得到体现，并进行相应的账务处理。通过以上的步骤，可以确保公司的账务记录准确无误，同时也能够对员工的行为进行规范和管理。