当企业发生清淤费用时，应将相关费用计入“管理费用”借方科目，并设置“应交税费—应交增值税（进项税额）”借方科目进行核算。具体的账务处理如下：
1. 当企业支付清淤费用并取得对应发票时，应进行以下会计分录： 借：管理费用—清淤费 应交税费—应交增值税（进项税额） 贷：应付账款
2. 当企业支付清淤费用款项时，应进行以下会计分录： 借：应付账款 贷：银行存款
3. 当期末结转利润时，应进行以下会计分录： 借：本年利润 贷：管理费用
通过以上步骤，企业可以准确记录和核算清淤费用，确保财务报表的准确性和合规性。