一般纳税人的增值税计算方式为：应纳税额=销项税-进项税-上期留底-预交增值税。在会计科目核算中，应在“应交增值税”明细账内设置多个专栏来记录不同的数据。
首先，“进项税额”专栏用于记录购买货物、劳务、服务、无形资产或不动产时支付或负担的、可以从当期销项税额中抵扣的增值税额。其次，“销项税额抵减”专栏用来记录因扣减销售额而减少的销项税额。此外，“已交税金”专栏则用来记录当月已交纳的应交增值税额。
对于转出未交和多交的增值税额，分别使用“转出未交增值税”和“转出多交增值税”专栏进行记录。同时，“减免税款”专栏用来记录按现行增值税制度规定准予减免的增值税额。
如果实行“免、抵、退”办法，那么需要使用“出口抵减内销产品应纳税额”专栏来计算按规定计算的出口货物的进项税抵减内销产品的应纳税额。
对于销售货物、劳务、服务、无形资产等应收取的增值税额，使用“销项税额”专栏进行记录。如果出口货物、劳务、服务、无形资产按规定退回增值税额，那么需要在“出口退税”专栏进行记录。
非正常损失以及其他原因导致的进项税额不应从销项税额中抵扣的部分，需通过“进项税额转出”专栏进行记录。
对于“未交增值税”，会计科目设置为核算一般纳税人月度终了从“应交增值税”或“预交增值税”明细科目转入当月应交未交、多交或预缴的增值税额，以及当月交纳以前期间未交的增值税额。
“预交增值税”明细科目用于核算转让不动产、提供不动产经营租赁服务、提供建筑服务、采用预收款方式销售自行开发的房地产项目等，以及其他按现行增值税制度规定应预缴的增值税额。
“待认证进项税额”明细科目则用来核算未经税务机关认证而不得从当期销项税额中抵扣的进项税额。包括尚未经税务机关认证的进项税额和尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额。
“待转销项税额”明细科目用于核算已确认相关收入但尚未发生增值税纳税义务而需于以后期间确认为销项税额的增值税额。
“增值税留抵税额”明细科目则核算兼有销售服务、无形资产或者不动产的原增值税一般纳税人，截止到纳入营改增试点之日前的增值税期末留抵税额按照现行增值税制度规定不得从销售服务、无形资产或不动产的销项税额中抵扣的增值税留抵税额。
“简易计税”明细科目用于核算一般纳税人采用简易计税方法发生的增值税计提、扣减、预缴、缴纳等业务。
“转让金融商品应交增值税”明细科目核算增值税纳税人转让金融商品发生的增值税额。
“代扣代交增值税”明细科目则核算纳税人购进在境内未设经营机构的境外单位或个人在境内的应税行为代扣代缴的增值税。