软件著作权登记费用可以作为无形资产的取得费用，计入“无形资产”科目核算。根据《企业会计准则第6号——无形资产》第十七条规定：使用寿命有限的无形资产，其应摊销金额应当在使用寿命内系统合理摊销。
若是支付的著作权登记费用金额很小，或者不计入无形资产科目，则可以计入“管理费用—其他政府规费”科目进行核算。
此外，根据《企业会计制度》规定，企业在自行开发并按照法律程序申请取得的无形资产，按依法取得时发生的注册费、聘请律师费等费用，作为无形资产的实际成本。在研究与开发过程中发生的材料费用、直接参与开发人员的工资及福利费、开发过程中发生的租金、借款费用等，直接计入当期损益。已经计入各期费用的研究与开发费用，在该项无形资产获得成功并依法申请取得权利时，不得再将原已计入费用的研究与开发费用资本化。
因此，企业在处理软件著作权登记费用时应当注意区分不同情况，并按照相关规定进行核算。