在处理发票金额与合同金额不一致的情况时，我们需要根据实际情况进行分析。首先，我们需要确认合同本身是否存在问题。如果合同本身没有问题，但是合同约定了分阶段开发票，那么我们只需要在合同约定的时间内开完发票即可，平时可以不用一致。
其次，如果实际履行的数量与发票一致，但是与合同不一致，那么我们可以通过签订补充协议来解决。补充协议可以明确双方对于实际履行数量的约定，以及相应的发票金额。这样，双方就可以根据补充协议来调整发票金额，使其与实际履行数量保持一致。
此外，我们还需要注意发票金额与合同金额不一致可能带来的风险。例如，如果发票金额与合同金额相差较大，可能会引起税务部门的注意，导致税务风险。因此，在处理发票金额与合同金额不一致的问题时，我们需要谨慎行事，确保所有的操作都符合法律法规的要求。
总的来说，发票金额与合同金额不一致是一个复杂的问题，需要我们根据实际情况进行分析和处理。我们需要确保合同的合法性，同时也要注意避免由此产生的税务风险。只有这样，我们才能有效地解决这个问题，保证公司的正常运营。