会计集中核算制度在实施过程中，存在一些亟待解决的问题。首先，会计监督工作存在盲点。由于会计人员脱离了各委派单位的实际业务工作，很难详细了解情况；同时，一个核算人员需要负责多个单位的账务，导致无法全局掌握每个单位的业务细节，从而行使会计监督职能有一定难度。
其次，会计集中核算制度不能完全堵塞经费支出漏洞。核算站对单位的经济业务缺乏必要的了解，只能从单位领导的签字和票据的合格性两个方面进行监督审核，这可能导致一些漏洞无法被有效发现和解决。
第三，核算中心人员少，工作量大。由于实行会计集中核算后，各单位的财务工作主要都集中在会计核算中心，导致核算中心人员少、工作量过大，报账员在核算站报账等候时间较长，部分单位领导不够理解，从而使单位与委派会计之间造成一些矛盾。
最后，核算中心制度建设滞后于业务的发展。会计核算中心成立时间较短，各项规章制度还不能完全适应不断发展的业务要求，例如核算中心职能定位与会计人员职责定位衔接不紧，会计人员的思想政治工作缺乏针对性和实效性，以及控制会计人员的岗位风险缺乏长效机制等问题。