当上市公司在二级市场回购股票时，其账务处理如下：
首先，公司需要从二级市场购买股票。这涉及到两个会计科目，一个是借方的“库存股”，另一个是贷方的“银行存款”。这意味着公司的库存股增加，而银行存款减少。
接下来，公司会将回购的股票予以注销。这时，账务处理涉及多个会计科目。首先是借方的“股本”，代表公司发行的股票总金额。其次是借方的“资本公积—股本溢价”，表示公司通过回购股票所增加的资本公积。此外，还有借方的“盈余公积”和“利润分配—未分配利润”，分别代表公司留存的盈余公积和未分配利润。最后，贷方是“库存股”，表示注销的股票数量。
综上所述，上市公司在二级市场回购股票时的账务处理包括两个步骤。第一步是购买股票，涉及借方的“库存股”和贷方的“银行存款”。第二步是注销股票，涉及借方的“股本”、“资本公积—股本溢价”、“盈余公积”和“利润分配—未分配利润”，以及贷方的“库存股”。这些账务处理的目的是确保公司的财务报表准确反映回购股票的情况。