当企业的股票发生公允价值变动，然后进行出售并取得差价收入时，这部分收入会被计入到交易性金融资产—公允价值变动损益科目中进行核算。具体的会计分录如下：
首先，当企业出售股票并取得股票差价收入时，会进行以下操作：
借：银行存款
贷：交易性金融资产—成本
交易性金融资产—公允价值变动
投资收益
其次，同时需要结转公允价值变动损益，具体操作如下：
借：公允价值变动损益
贷：投资收益
以上就是企业在股票发生公允价值变动，然后出售并取得差价收入时的会计处理流程。这个过程涉及到两个主要的会计分录，一个是出售股票并取得差价收入的分录，另一个是结转公允价值变动损益的分录。这两个分录的操作顺序和方向都是固定的，不能随意更改。