商业企业纳税的主要种类有：增值税、城建税、教育费附加、地方教育费附加、企业所得税、个人所得税和印花税等。
对于一般纳税人而言，增值税的应纳税额可以通过销项税额减去进项税额来计算。而如果是小规模纳税人，则增值税的应纳税额等于不含税收入乘以征收率。
企业所得税的计算方式是利润总额乘以所得税税率。
除了以上所列的税种外，还有其他一些与商业企业相关的税收政策。例如，城市维护建设税是为了支持城市建设和基础设施发展而设立的一种税种。教育费附加则是用于教育事业的发展，包括基础教育、职业教育等方面的投入。地方教育费附加则用于地方教育事业的发展。
个人所得税是指个人从各种来源获得的收入所需缴纳的税款。根据不同的收入类型和税率，个人所得税的计算方式也会有所不同。
此外，印花税是对一些特定交易和文件征收的一种税费，如房屋买卖合同、证券交易等。
综上所述，商业企业在经营过程中需要缴纳多种税费，包括增值税、城建税、教育费附加、地方教育费附加、企业所得税、个人所得税和印花税等。这些税费的计算方式和税率各有不同，企业需要根据自身情况合理规划税务筹划，以降低税负并遵守相关税法规定。