软件企业会计科目的设置应根据企业实际情况进行。通常，需要设置以下四类会计科目：
一、资产类： 1. 现金（1001） 2. 银行存款（1002） 3. 其他货币资金（1009） 4. 短期投资（1101） 5. 应收账款（1103） 6. 坏账准备（1104） 7. 其他应收款（1109） 8. 原材料（1201） 9. 燃料（1202） 10. 低值易耗品（1204） 11. 物料用品（1206） 12. 库存商品（1208） 13. 待摊费用（1301） 14. 长期投资（1401） 15. 固定资产（1501） 16. 累计折旧（1505） 17. 固定资产清理（1506） 18. 在建工程（1509） 19. 无形资产（1601） 20. 待处理财产损溢（1801）。
二、负债类： 1. 短期借款（2001） 2. 应付账款（2003） 3. 其他应付款（2009） 4. 应付职工薪酬（2101） 5. 应交税金（2201） 6. 应付利润（2203） 7. 其他应交款（2209） 8. 长期借款（2401） 9. 应付债券（2501） 10. 长期应付款（2601）。
三、所有者权益类： 1. 实收资本（3001） 2. 资本公积（3101） 3. 盈余公积（3103） 4. 本年利润（3201） 5. 利润分配（3202）。
四、损益类： 1. 营业收入（5051） 2. 营业成本（5052） 3. 营业费用（5053） 4. 营业税金及附加（5054） 5. 管理费用（5151） 6. 财务费用（5152） 7. 投资收益（5251） 8. 营业外收入（531） 9. 营业外支出（532） 10. 研发支出。