当双方在合同中约定了逾期付款违约金的计算方式时，根据合同自治原则，一般应从其约定。这意味着当事人可以自行商定违约金的具体数额或者计算方法，只要不违反法律规定即可。
然而，如果当事人没有在合同中约定逾期付款违约金，那么一般情况下是不予支持的。这意味着，如果一方未按合同约定的时间进行付款，而另一方并未主张违约金的情况下，法院或仲裁机构将不会判决支付违约金。
但是，如果当事人主张逾期付款违约金，根据中国人民银行同期同类贷款利率计算违约金的规定，法院或仲裁机构将会按照该利率来计算违约金的数额。这样的规定旨在保护债权人的利益，确保债务人按时履行付款义务。
总之，根据合同自治原则，当事人可以在合同中约定逾期付款违约金的计算方式。如果当事人没有约定，一般情况下不予支持。但是，如果当事人主张违约金，法院或仲裁机构将会按照中国人民银行同期同类贷款利率计算违约金。这些规定为当事人提供了一定的法律保障，同时也促进了合同的履行和交易的顺利进行。