认证过的发票的处理方式主要取决于其使用的用途。如果发票是用于抵扣进项税，那么处理方式如下：
首先，借方记入库存商品或原材料等科目。这是由于这些发票代表了公司购买的商品或原材料，因此需要将其记入库存。
其次，应交税费—应交增值税（进项税额）也需要被记入借方。这是因为这部分税款是公司需要支付的，因此需要在借方进行记录。
最后，贷方记入银行存款等科目。这是因为这部分款项是公司通过银行存款支付的，因此需要在贷方进行记录。
然而，如果认证后的发票不符合抵扣条件，或者因为其他原因不能抵扣，那么就需要做进项转出科目的处理。这种情况下，处理方式如下：
首先，借方仍然记入库存商品或原材料等科目。这是因为这部分发票仍然代表了公司购买的商品或原材料，因此需要将其记入库存。
其次，贷方记入应交税费—应交增值税（进项税额转出）。这是因为这部分税款不再需要支付，因此需要在贷方进行记录。
这种情况通常出现在以下情况：用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。