小规模纳税人转让不动产的增值税税率为5%。根据《纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法》第四条的规定，除个人转让其购买的住房外，小规模纳税人在转让其取得的不动产时需按照以下规定缴纳增值税。
首先，对于小规模纳税人转让其取得（不含自建）的不动产，应将取得的全部价款和价外费用扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额作为销售额，然后按照5%的征收率计算应纳税额。
其次，对于小规模纳税人转让其自建的不动产，应将取得的全部价款和价外费用作为销售额，然后按照5%的征收率计算应纳税额。
需要注意的是，以上规定适用于小规模纳税人转让的不动产，不适用于个人转让其购买的住房。此外，小规模纳税人在计算应纳税额时应严格按照规定的销售额进行计算，以确保纳税的准确性和合规性。
总之，小规模纳税人在转让不动产时需遵守相关法规并按照规定的税率计算应纳税额，以确保税收的公平和合法性。