合作企业的组织形式有其独特性。首先，合作企业可以选择申请成为具有法人资格的企业，也可以选择成为不具有法人资格的企业。对于具有法人资格的合作企业来说，其组织形式通常为有限责任公司。这意味着合作企业将以其全部资产来承担债务责任。
另一方面，对于不具有法人资格的合作企业来说，合作各方的关系则呈现出一种合伙关系。在这种情况下，合作各方需要根据中国民事法律的相关规定来承担民事责任。
其次，合作企业在组织机构的设置上具备较大的灵活性。与合营企业相比，合作企业在组织机构方面有着明显的区别。具体而言，具备法人资格的合作企业通常会设立董事会，而不具备法人资格的合作企业则一般会设立联合管理委员会。
总之，合作企业的组织形式和组织机构在法律和实际操作中都有着一定的灵活性。无论是选择具有法人资格还是不具有法人资格，合作企业都需要根据自身情况和法律规定来确定最适合的组织形式和组织机构。