合作企业收益或产品的分配方式应在合同中明确约定。合作企业可以选择利润分成或产品分成，后者通常用于资源开发项目。利润和产品分成的比例由中外合作者在合同中约定。根据具体情况，合同当事人可以约定在整个合作期间始终按相同比例进行利润或产品分成，也可以在合作期满前的某个时期按某种比例分成，而在另一个时期按其他比例分成。
关于合作企业外国合作者的投资回收，实践中通常约定在合作期满时，全部固定资产归中国合作者所有。为了平衡中外各方的利益，一般采用让外国合作者在合作期限内先行回收投资的方法。回收投资的方式通常有三种：首先，合作前期从企业税后利润中给外方多分配，以后逐年递减，即优先保证外方实现利润；其次，经税务机关批准，实行税前分配，即外方合营者在合作企业交纳所得税前回收投资；最后，经税务机关批准，通过加速固定资产折旧的方式，用折旧金偿还外方的投资。