有限公司自行清算程序包括以下步骤：
1. 清算公司财产，并制订清算方案。在催告债权人申报债权的同时，调查和清理公司的财产。根据债权人的申请和调查清理的情况编制公司资产负债表、财产清单和债权、债务目录。需要注意的是，在编制资产负债表时，不得将公司财产价值低估。
2. 制订清算方案。在编制公司财务会计报告之后，清算组应当制订清算方案，提出收取债权和清偿债务的具体安排。
3. 提交股东会通过或者报主管机关确认。清算方案是公司清算的总方案。因此，股份有限公司的清算组应将清算方案提交股东大会通过。但是，有限责任公司的清算组成员是由股东组成的，所以无须提交股东会另行通过。将清算方案提交有关主管机关确认的规定，适用于因违法而解散的清算公司。
4. 如果发现公司财产不足清偿债务，清算组有责任立即向有管辖权的人民法院申请宣告破产。经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交人民法院。
5. 了结公司债权、债务，并处理公司未了结的业务。在清算期间，公司不得开展新的经营活动。但是，公司清算组为了清算的目的，有权处理公司尚未了结的业务。
6. 收取公司债权。清算组应当及时向公司债务人要求清偿已经到期的公司债权。对于未到期的公司债权，应当尽可能要求债务人提前清偿。如果债务人不同意提前清偿，清算组可以通过转让债权等方法变相清偿。
7. 清偿公司债务。在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单之后，确认公司现有的财产和债权大于所欠债务，并且足以偿还公司全部债务时，应当按照法定的顺序向债权人清偿债务。首先支付公司清算费用，包括公司财产的评估、保管、变卖和分配等所需的费用；其次支付职工工资和劳动保险费用；再次缴纳所欠税款；最后偿还其他公司债务。在清偿公司债务时应注意以下几点：第一，偿还公司债务没有严格先后顺序之分；第二，在催告债权人申报的期限届满前一般不得先行清偿债务；第三，在公司清偿全部公司债务前不得向公司股东分配公司财产。
8. 分配公司剩余财产。在公司清偿了全部公司债务之后，如果公司财产还有剩余的，清算组才能够将公司剩余财产分配给股东。根据《公司法》第195条规定，有限责任公司按照各股东的出资比例进行分配；股份有限公司按照各股东持有的股份比例进行分配。取得公司剩余财产的分配权是公司股东自益权的一项重要内容，是公司股东的基本权利。在分配方式上可采取货币分配、实物分配或者作价分配等形式，其基本要求是既最大限度保护股东的权益又体现出平等和公平分配原则。