全面实施营改增的首要任务在于实现税法的统一，从而构建一个有利于形成统一税法、公平税负和平等竞争的税收环境。
1. 全面实施营改增的核心目标是消除重复征税。在我国，长期以来工商业、服务业和房地产业分别征收增值税和营业税，全额征收的营业税存在严重的重复征税问题。为了消除重复征税，全面实施营改增可以分为两种情况：一种是服务企业外购货物和服务缴纳的增值税允许抵扣，从而消除企业生产经营过程中的重复征税；另一种是服务企业为下游企业提供服务发生的增值税，由下游企业抵扣从而消除产业交往中的重复征税。全面实施营改增还将不动产纳入征税范围，同时纳入抵扣范围，从而实现了真正意义上的现代消费型增值税制度。
2. 全面实施营改增还有助于优化税制结构。我国现行税制结构以流转税为主体，虽然流转税具有稳定收入、简化税制和利于征管的优势，但同时也存在税制不公平、不合理的问题。流转税是按销售额计算征税，而不是按利润或收益所得额计算征税。由于我国不同行业利润率差异大，如果按统一税率征收，对于利润率低的企业税负会偏重，而对利润率高的企业税负可能偏低。此外，在经济下行时，企业利润率下降，按销售额征税会加重企业税收负担，使矛盾更加突出。相比之下，所得税由于按企业利润或个人收入征税，相对较为公平和合理。通过减轻企业流转税负，提高企业所得税负，全面实施营改增可以为资源税、环境税和个人所得税改革预留改革空间，实现降低间接税比重，提高直接税比重，从而优化我国税制结构的目标。