应纳税额的计算方式因税种不同而有所差异。一般来说，应纳税额等于应纳税所得额乘以适用税率，再减去减免税额和抵免税额。具体公式为：应纳税额 =（收入总额 - 不征税收入 - 免税收入 - 各项扣除 - 允许弥补的以前年度亏损）×适用税率 - 减免税额 - 抵免税额。
在公式中，减免税额和抵免税额是指根据企业所得税法和国务院的税收优惠规定，对应纳税额进行的减征、免征和抵免。
按照纳税人的不同，常见的计算方法有以下几种：
1. 增值税一般纳税人：应纳税额等于当期销项税额减去当期进项税额。如果当期销项税额小于当期进项税额，不足抵扣的部分可以结转下期继续抵扣。
2. 增值税小规模纳税人不得抵扣进项税额。其应纳税额计算公式为：应纳税额=销售额×征收率。
3. 纳税人进口货物时，按照组成计税价格进行计算，不得抵扣任何税额。组成计税价格等于关税完税价格加上关税和消费税。应纳税额等于组成计税价格乘以增值税税率。
4. 消费税的计算方法有两种：从价定率办法和从量定额办法。实行从价定率办法时，应纳税额等于销售额乘以税率；实行从量定额办法时，应纳税额等于销售数量乘以单位税额。对于自产产品，组成计税价格等于（成本 利润）÷（1－消费税税率）；对于委托加工产品，组成计税价格等于（材料成本 加工费）÷（1－消费税税率）；对于进口产品，组成计税价格等于（关税完税价格 关税）÷（1－消费税税率）。
5. 企业所得税的应纳税所得额计算方法有两种。一种方法是将应纳税所得额等于收入总额减去准予扣除项目金额；另一种方法是将应纳税所得额等于利润总额加上纳税调整增加额，再减去纳税调整减少额。对于实行核定应税所得率征收方式的企业，应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额=收入总额×应税所得率。