根据股份支付的等待期和可行权日，公司需要做出相应的账务处理。
在每个资产负债表日，公司会根据推算的股份支付额进行账务处理。这包括借记管理费用并贷记资本公积--其他资本公积（附服务年限条件或附非市场业绩条件的权益结算股份支付）以及应付职工薪酬--股份支付（现金结算的股份支付）。
一旦到达可行权日，如果股份支付是附服务年限条件或附非市场业绩条件的权益结算方式，公司会借记银行存款（职工按承诺的价位交付的款项）、资本公积--其他资本公积（等待期内累计的资本公积）并贷记股本（面值）和资本公积--股本溢价（所授股权的公允价值-股本）。如果是现金结算的股份支付，公司会分别处理未兑付前的公允价值变动、贬值时和兑付时的账务情况。
此外，如果公司选择通过回购股份来进行职工期权激励，会在回购股份时借记库存股并贷记银行存款。在等待期内，公司将根据权益工具在授予日的公允价值，将取得的职工服务计入成本费用，同时增加资本公积（其他资本公积）。当职工行权时，公司会借记银行存款（职工按承诺的价位交付的款项）、资本公积--其他资本公积（等待期内累计的资本公积）并贷记库存股和资本公积--股本溢价（倒挤差额）。
对于涉及不同企业的股份支付交易，如果接受服务企业与结算企业不是同一企业，公司应根据结算方式进行不同的会计处理。如果结算企业以其本身权益工具结算，应将其视为权益结算的股份支付；如果结算企业使用集团内其他企业的权益工具结算，则应将其视为现金结算的股份支付。