在处理单位支付的运费时，需要根据费用的性质将其分别计入不同的会计科目。具体来说：
1. 如果运费与销售有关，应将其计入销售费用。这意味着，当单位为销售产品或提供服务而支付运费时，需要将这部分费用归入销售费用科目。例如，如果单位向客户运送商品并支付了相应的运费，那么这部分费用应被视为销售费用。
2. 如果运费与管理有关，则应将其计入管理费用。这包括单位为管理和运营而支付的与运输相关的费用，如员工出差时的交通费、办公用品的运输费等。这些费用通常被视为管理费用。
3. 如果运费与原材料购进有关，则应将其计入原材料成本。这意味着，当单位购买原材料并支付了相应的运费时，需要将这部分费用归入原材料成本科目。例如，如果单位从供应商处购买了一批钢材并支付了运费，那么这部分费用应被视为原材料成本。
在处理上述运费时，还需要进行相应的会计分录。具体来说：
借：销售费用—运费
借：管理费用—运费
借：原材料—运费
借：应交税费—应交增值税(进项税额)(一般纳税人取得专票)
贷：银行存款等科目
对于施工企业对外施工发生的运费支出，应将其计入工程施工费用。具体来说：
借：工程施工—运费
贷：银行存款等科目
同样地，房地产企业对外开发房地产发生的运费支出也应计入开发成本。具体来说：
借：开发成本—运杂费
贷：银行存款等科目