新三板交易方式中，协议转让是一种常见的方式。它是由买卖双方在场外自由对接达成协议后，再通过报价系统成交的交易方式。这种方式是指产权交易双方在交易中心主持下通过洽谈、协商以协议成交的交易方式。
根据“全国中小企业股份转让系统业务规则（试行）”的有关规定，在新三板挂牌的股票，可以采取多种方式进行交易。除了协议转让外，还可以采用做市方式、竞价方式或其他中国证监会批准的转让方式。这些交易方式各有特点，投资者可以根据自己的需求和风险承受能力选择适合自己的交易方式。
总之，新三板交易方式丰富多样，为投资者提供了更多选择。投资者应充分了解各种交易方式的特点和风险，做出明智的投资决策。